KeePass Professional organisiert Kennwörter in einer Baumstruktur und kann thematisch gleiche Einträge in Gruppen zusammenfassen. Die Datenbank der Software ist durch ein Master-Kennwort gesichert, das in Form eines Key-Files auf einem USB-Stick oder auf CD/DVD gesichert werden kann. Für die Verschlüsselung kommen Advanced Encryption Standard (AES) und Twofish mit 256 Bit zum Einsatz. Sogar eine Kombination aus Key-File und konventionellem Kennwort ist vorgesehen.