Mindestens zwei Trojaner, ein Backdoor-Agent und ein Rootkit greifen die Piraten-Kapitäne auf den Hacker-Seiten an. Die im Umfeld des Cracks für Silent Hunter gefundene Hintertür »Backdoor.Agent.AALS« etwa setzt sich tief im System fest und macht den infizierten Rechner für Remote-Zugriffe des Malware-Urhebers zugänglich.
Außerdem findet sich auf einigen der Piraten-Seiten der »Rootkit.33830«, der versucht, Prozesse, Dateien, Registry-Daten und Netzwerkverbindungen des infizierten PCs für illegale Zwecke zu verwenden. Komplettiert wird der »Malware-Cocktail« von den beiden Trojanern »Trojan.Generic.3195738« und »Trojan.Generic.KD.1983«. Auch sie bieten den Angreifern Zugriff auf Steuerungsfunktionen des infizierten Rechners und greifen im Hintergrund auf den Festplatten gespeicherte Passwörter, Bankingdaten und ähnliches ab.
Somit schießen sich die Software- und Internet-Piraten im Fall Silent Hunter – Battle of the Atlantic« wenigstens einmal gegenseitig ab.