Zahlreiche Open-Source-Verbände sehen den Wechsel zu Windows äußerst skeptisch und beklagen eine Verschwendung von Steuergeldern. Zudem verlieren sie damit ein besonders prestigeträchtiges Vorzeigeprojekt. So wurde die von April bis Oktober 2006 durchgeführte Migration auf Linux in der Steuerbehörde unter anderem vom europäischen Open Source Observatory (OSOR) als besonders gelungenes Beispiel einer nahezu reibungslosen Großmigration gelobt. Auch viele Mitarbeiter bedauern die Entscheidung, hatte Linux in Umfragen doch stets eine hohe Nutzerzufriedenheit erreicht.
Dennoch wird Linux in Niedersachsen nicht komplett aufgegeben. Im Rahmen des sogenannten »Niedersachsen-Clients« sollen für Bereiche wie Office-Software und andere Anwendungen nach Möglichkeit auch weiterhin Open-Source-Alternativen angeboten und gepflegt werden. Die zuständigen Behördenleiter können dann jeweils selbst entscheiden, welche Software aus dem Angebot sie einsetzen wollen.