Um Ninite zu nutzen, öffnet der Benutzer einfach die Homepage von Ninite (https://ninite.com) und selektiert dann Windows oder Linux. Anschließend kann er die Anwendungsprogramme, Tools und Utilities selektieren, die er zu installieren oder zu aktualisieren wünscht. Die Softwareliste ist übersichtlich in Abschnitte wie Web-Browser, Messaging, Documents und Security aufgeteilt. Jeder Abschnitt enthält dann die aktuell unterstützten Softwarepakete. Für Windows befinden sich im Abschnitt Web-Browser beispielsweise Chrome, Firefox, Opera und Safari, unter Messaging gibt es unter anderem Skype, Messenger, Google-Talk und Yahoo, und wer nach Microsoft-Office, „OpenOffice“, „LibreOffice,“ Acrobat-Reader oder „CuteFTP“ sucht, wird im Abschnitt Documents fündig. Mit dabei sind außerdem noch viele Media-Player und -Tools wie I-Tunes, Winamp, VLC und Spotify, Runtimes wie Flash, Java, .Net, Silverlight, Air und Shockwave, einige Imaging- und Grafikapplikationen, Sicherheitssoftware, Komprimierungswerkzeuge, Utilities wie Teamviewer, „ImgBurn“ und „RealVNC“ sowie Entwicklerwerkzeuge wie Python, „FileZilla“, JDK oder Eclipse.
Ist die gewünschte Software ausgewählt, klickt der Benutzer auf „Get Installer“, womit er letztendlich ein auf seiner Auswahl basierendes kleines Installationsprogramm herunter lädt. Bei einer Auswahl von Chrome, Firefox, Opera und Dopbox war dieses Programm gerade einmal 248 KByte groß. Gewöhnungsbedürftig sind die Namen, der Installationsdateien, die Ninite erzeugt: Für die gerade erwähnten Programme lautete der Dateiname „Ninite Chrome Dropbox Firefox Opera Installer.exe“ Bei dieser Auswahl ist die Namensgebung sicher noch in Ordnung, aber wir möchten nicht sehen, wie es aussieht, wenn der Benutzer 14, 15 Pakete selektiert. Aber gut, wichtiger ist das, was passiert, wenn der Benutzer das Installationsprogramm schließlich startet. Nun, nicht viel - das Programm installiert nun einfach vollautomatisch und ohne dass irgend ein Benutzereingriff notwendig wäre alle ausgewählten Programm hintereinander weg. Der Benutzer kann zwischenzeitlich Kaffee trinken gehen oder sonst was tun, es geschieht wirklich alles ganz automatisch. Das heißt, das Programm lädt die entsprechende Software vom Internet herunter und installiert sie dann im Silent-Modus. Dabei beachtet das Programm die auf dem jeweiligen Computer eingestellte Sprache und die Versionsstände. Beispielsweise führt es keine Installation durch, wenn auf der Maschine bereits die aktuelle Version der jeweiligen Software vorhanden ist. Ist eine bereits installierte Version aber älter, dann führt das Programm eine Aktualisierung durch. Damit ist klar, dass das einmal erzeugte und herunter geladene Installationsprogramm nach Erledigung seiner Aufgabe nicht gelöscht werden sollte, denn es kann später immer wieder aufgerufen werden, um die installierte Software zu aktualisieren.
Dass Ninite die auf der Zielmaschine eingestellte Sprache beachtet, ist natürlich wünschenswert, kann aber zu einem Problem führen, wenn die gewünschte Software nicht in dieser Sprache existiert. Dann nämlich installiert Ninite sie schlicht nicht, macht den Benutzer aber immerhin darauf aufmerksam. Ninite beachtet noch einige Dinge mehr, beispielsweise installiert der Dienst grundsätzlich die aktuellsten Versionen und er bemerkt, ob eine 32- oder eine 64-Bit-Version zu installieren ist. Und das Programm installiert immer nur die reine Software, was bedeutet, dass es nein zu irgendwelchen Toolbars und anderem Müll sagt.