Rechtzeitig zum Launch hat Microsoft für die Infrastruktur der Deutschland-Cloud die Zertifizierung nach ISO 27001 (IT-Grundschutz) und ISO 27018 (Datenschutz in der Cloud) erhalten. Gerade für den öffentlichen Bereich, einer wichtigen Zielgruppe der Microsoft Deutschland Cloud, ist die Zertifizierung nach ISO 27018 ein wichtiges Argument. Die SOC-Zertifizierung (Security Operations Center) steht noch aus. Später strebt Microsoft wohl noch eine C5-Zertifizerung an. Das steht für Cloud Computing Compliance Controls Catalog und ist ein Prüfschema des BSI für den Nachweis operativer Sicherheit beim Schutz gegen Cyber-Angriffe.