Die Erträge aus der gewerblichen Tätigkeit unterliegen generell der Einkommens- und Gewerbesteuer. Dabei hängt die Höhe der Steuerzahlungen von den im Kalenderjahr erzielten Erträgen ab. Generell hat der Unternehmer daher Vorauszahlungen an das Finanzamt zuleisten, deren Höhe auf Grundlage der Steuerzahlungen der vergangenen Jahre für das laufende Jahr ermittelt wird.
An die steuerrechtliche Unternehmerstellung des § 2 UStG knüpft auch die Pflicht zur Erhebung und Abführung der Umsatzsteuer an das Finanzamt an. Der Online-Händler fordert und berechnet die Umsatzsteuer also für den Staat. Auch hierfür sind regelmäßig Vorauszahlungen an das Finanzamt zu leisten. Ist man also zur Abführung der Umsatzsteuer verpflichtet, ist man auch vorsteuerabzugsberechtigt. Das bedeutet, dass man die Vorsteuer, die man für Wareneinkäufe im Rahmen des Gewerbebetriebs zahlt vom Finanzamt zurück erstattet bekommt. Zurzeit gelten in Deutschland ein Regelsteuersatz von 19 Prozent und ein ermäßigter Steuersatz von 7 Prozent für Lebensmittel, Bücher etc. Weiterhin ist es erforderlich, dass die Leistungen und damit auch die Umsätze im Inland erbracht beziehungsweise erzielt wurden. Bei Leistungen im Ausland sind gesonderte steuerliche Regelungen zu beachten.
Inzwischen liefert ein großer Teil der Online-Händler seine Waren auch zu Kunden ins Ausland. Doch auch hierbei sind steuerliche Regelungen zu beachten. Zunächst ist zwischen der Lieferung von Leistungen ins EU-Ausland und in Nicht-EU-Länder zu unterscheiden.
Bei einer Warenlieferung innerhalb der EU ist grundsätzlich der Erwerber umsatzsteuerpflichtig. Handelt es sich bei dem Erwerber ebenfalls um einen Unternehmer, kann dieser die Vorsteuer geltend machen. Der Leistungserbringer ist dagegen von der Umsatzsteuerpflicht befreit, da es sonst zu einer Doppelbesteuerung käme. Wird in ein Nicht-EU-Land geliefert, ist der liefernde Unternehmer in der Regel im Inland auch von der Umsatzsteuerpflicht befreit. Handelt es sich bei der erbrachten Leistung nicht um eine Warenlieferung, sondern um eine Dienstleistung, so gelten jedoch andere Kriterien.