MozyPro wurde für mit Blick auf die Anforderungen von Unternehmen hin entwickelt. Im Gegensatz zur Privatkunden-Version bietet die kommerzielle Lösung einen telefonischen Support und die Unterstützung von Serverarchitekturen. Nutzer von MozyPro implementieren, konfigurieren und verwalten den Backup-Service über einen web-basierten Leitstand. Über diese Administratorenkonsole lässt sich einstellen, wann ein Backup-Vorgang laufen soll, welche Dateien miteinbezogen werden und wie viel Bandbreite für den Sicherungsprozess genutzt werden soll. So behalten IT-Verantwortliche einen Überblick über die Backup-Kosten in der Firma. Mozy bietet seinen Geschäftskunden den Backup-Dienst in flexiblen Preisstaffelungen an. Diese sind abhängig von der Anzahl an Computern und dem übertragenen Datenvolumen.
Bevor Informationen an eines der Mozy-Datenzentren geschickt werden, werden sie chiffriert. Entweder über einen persönlichen 256-Bit AES-Schlüssel des Kunden oder einen von Mozy generierten 448-Bit Blowfish-Schlüssel. Die Übertragung der Daten erfolgt dann über eine SSL-Datenverbindung.