An Unternehmenskunden richten sich auch neue Verwaltungsfunktionen von Office 2016. So gibt es Funktionen zur Kontrolle der Netzauslastung und Möglichkeiten zur zentralen Verwaltung von Office 365 ProPlus-Aktivierungen. Außerdem wird der Background Intelligent Transfer Service (BITS) unterstützt, der das Ausrollen von Anwendungen und Upgrades im Hintergrund bei laufendem Betrieb erlaubt. Ferner werden Unternehmensdaten nun besser vor Verlust geschützt (Data Loss Prevention).