Das zweite Problem, das sich mithilfe von WAN-Optimierung beseitigen lässt, sind zu hohe Latenzzeiten. Die Verzögerungszeiten werden primär durch die Länge der Übertragungsstrecke bestimmt. Bei einer WAN-Strecke zwischen zwei Firmenstandorten in Europa und den USA sind 100 bis 200 ms einzukalkulieren, bei einer Satellitenverbindung 500 ms und mehr. Einige Service-Provider bieten zwar innerhalb Europas über eigene Glasfasernetze teilweise Latenzzeiten von weniger als 3 ms an, doch sind solche WAN-Verbindungen für die Mehrzahl der Unternehmen viel zu teuer.
Anwendungen wie das Replizieren von Daten zwischen Rechenzentren erfordern eine möglichst niedrige Latency von deutlich unter 100 ms. Um die Verzögerungszeiten zu minimieren, kombinieren WAN-Optimierungslösungen mehrere Techniken. Diese setzen bei den Übertragungsprotokollen an, beispielsweise TCP, IP und UDP (User-Datagram-Protocol), außerdem beim Common-Internet-File-System-Protokoll (CIFS). Unter anderem verwenden WAN-Optimization-Appliances folgende Verfahren:
Niedrige Latenzzeiten sind unter anderem die Voraussetzung dafür, dass auch Anwender in weit entfernten Außenstellen Daten und Applikationen nutzen können, die über zentrale Rechenzentren bereitgestellt werden. Auch das Replizieren von Daten zwischen Datacentern wird einfacher. Bislang galt bei der synchronen Datenreplikation wegen der Latenzzeiten eine Distanz von etwa 150 Kilometern als Maximum. Mit WAN-Optimierung lässt sich dieser Wert auf mehrere 100 oder gar 1000 Kilometer erhöhen.