Für jedes Gerät im Netzwerk, das PRTG-Network-Monitor beobachten soll, ist ein entsprechendes Gerät in der PRTG-Konfiguration zu erzeugen. Der Begriff Gerät ist dabei nicht wörtlich zu nehmen, denn neben Servern, Arbeitsstationen, Switches oder APs können diese Geräte beispielsweise auch Websites, Clouds und Internetverbindungen sein. Diesen Geräten sind Sensoren zuzuweisen, von denen jeder einen bestimmten Aspekt des Netzwerks beziehungsweise Geräts überwacht. In der Regel findet PRTG-Network-Monitor während der Discovery die Art beziehungsweise den Type eines gefundenen Geräts selbst heraus und installiert entsprechende Sensoren automatisch, womit das Programm eine gute Grundlage schafft, auf die der Administrator später aufbauen kann. Ähnlich wie der Begriff „Gerät“ ist bei PRTG auch der Begriff „Sensor“ etwas anders zu interpretieren, als Kenner manch anderer Managementapplikation es tun würden: Es handelt sich bei diesen Sensoren nicht um Software, die auf den zu überwachenden Geräten läuft, sondern die Sensoren laufen auf einer zentralen Probe. Von dort aus rufen sie Informationen von den Clients zum Beispiel mittels WMI oder SNMP ab.
Sämtliche Objekte einer PRTG-Monitoring-Konfiguration sind in einer baum-ähnlichen Hierarchie organisiert, die eine einfach navigierbare Liste darstellt. Administratoren können Objekte in Gruppenn zusammenfassen, die einander ähnliche Geräte, Services oder dieselben Standorte beobachten. Die Hierarchie dient ferner zur Definition einheitlicher Einstellungen für größere Gruppen von Objekten, denn innerhalb der Hierarchie lassen sich Einstellungen vererben. Ganz oben in der Hierarchie befindet sich die Root- oder Hauptgruppe, die sämtliche Objekte eines Setups enthält. Einstellungen auf dieser Ebene gelten für alle Objekte. Jede Gruppe außer der Hauptgruppe ist Teil einer Probe. Eine Probe ist die Plattform, auf der das Monitoring stattfindet. Alle unterhalb der Probe konfigurierten Objekte werden über diese spezifische Probe beobachtet. Jede PRTG-Core-Installation erzeugt automatisch eine lokale Probe, Administratoren erzeugen bei Bedarf weitere Probes oder auch Remote-Probes für das Monitoring von Remote-Geräten außerhalb des Netzwerks. Jede Probe enthält eine oder mehrere Gruppen, die Objekte wie oben erwähnt zusammenfassen. Probes und/oder Gruppen enthalten die zu beobachtenden Geräte, beispielsweise Datei- oder Webserver, Client-Computer, Router und Switches oder beinahe jedes Gerät im Netzwerk, das über eine eigene IP-Adresse verfügt. Automatisch fügt PRTG der lokalen Probe ein so genanntes Probe-Gerät hinzu, das mit verschiedenen Sensoren die Parameter des Computers überwacht, auf dem die Probe selbst läuft.
Jedem Gerät lassen sich automatisch oder manuell Sensoren hinzufügen, die einzelne Aspekte des Geräts überwachen. Das können beispielsweise Netzwerkdienste wie SMTP, FTP oder HTTP, Switch-Port-Verkehr, die Prozessorlast eines PCs, der Verkehr der Netzwerkkarte oder ein Netflow-Gerät sein. Jeder Sensor verfügt wiederum über eine Reihe Kanäle, über die er die verschiedenen Datenströme empfängt. Zwischen den Sensoren lassen sich Abhängigkeiten konfigurieren. So ist es beispielsweise eine gute Idee, Sensoren die Netzwerkdienste auf einem Server überwachen, vom Ping-Sensor abhängig zu machen, denn wenn der Server ohnehin nicht über das Netzwerk erreichbar ist, dann stehen die Netzwerkdienste ja gar nicht zur Verfügung.
Für Geräte, Bibliotheken und Sensoren existieren eine Menge verschiedener vordefinierter Ansichten, darunter Gruppenansichten, Gerätelisten, Favoriten, Top-10-Listen und Querverweise. Außerdem kann der Administrator unter vier verschiedenen Schnellübersichten wählen und sich eine vollständige Sitemap anzeigen lassen. Grundsätzlich ist es natürlich gut, so viele verschiedene Ansichten, Sortier- und Filtermöglichkeiten offeriert zu bekommen. Allerdings muss Paessler darauf achten, die Menüs nicht zu überfrachten. Wer das System noch nicht kennt, fühlt sich möglicherweise bei einer ersten Entdeckungsreise erschlagen.