Darüber hinaus könnten die hohen Verkaufszahlen der NES Classic Mini auch ein Lizenz-Problem für Nintendo verursacht haben. Immerhin sind unter den 30 installierten Spielen neben klassischen Nintendo-Titeln auch einige von Drittanbietern wie Capcom, Namco Bandai, Konami und Square Enix, für die Nintendo Lizenzgebühren bezahlen muss. Es wäre gut möglich, dass sich diese Firmen eine höhere Nachfrage als geplant auch entsprechend gut bezahlen lassen wollen und die Lizenzgebühren dementsprechend nach oben schrauben wollen.
Zumindest eingefleischte Nintendo-Fans hoffen jedoch auf eine ganz andere Erklärung für die Einstellung des NES Classic Mini: angeblich will Nintendo demnächst als würdigen Nachfolger ein SNES Classic Mini auf den Markt bringen. Bestätigt ist das jedoch nicht.