Das BSI tauscht sich im Rahmen seiner auf Prävention ausgerichteten Aufgaben regelmäßig mit anderen Behörden in der EU und außerhalb der EU zu technischen Fragestellungen der IT- und Internet-Sicherheit aus. Auch Behörden in Deutschland stellt das BSI auf Anfrage technische Expertise und Beratung zur Verfügung. Im Kontext der Bündnispartnerschaft NATO arbeitet das BSI auch mit der NSA zusammen. Diese Zusammenarbeit umfasst laut BSI jedoch ausschließlich präventive Aspekte der IT- und Cyber-Sicherheit entsprechend den Aufgaben und Befugnissen des BSI gemäß des BSI-Gesetzes.
In Deutschland besteht eine strukturelle und organisatorische Aufteilung in Behörden mit einerseits nachrichtendienstlichem bzw. polizeilichem Auftrag und dem BSI mit dem Auftrag zur Förderung der Informations- und Cyber-Sicherheit. In anderen westlichen Demokratien bestehen mitunter Aufstellungen, in denen diese Aufgaben und Befugnisse in anderem Zuschnitt zusammengefasst werden. Die Zusammenarbeit des BSI mit diesen Behörden findet stets im Rahmen der präventiven Aufgabenwahrnehmung des BSI statt, unter anderem zur Abwehr von IT- und Cyber-Angriffen.