Nicht alle Virenscanner sind gegen Rootkits gerüstet, sodass der Einsatz eines Spezial-Tools anzuraten ist. Das kostenlose GMER 1.0.15 arbeitet primär als Rootkit-Scanner, bringt aber zusätzlich noch ein Intrusion Prevention System (IPS) und eine Firewall mit.
Beim Start führt GMER eine Schnellprüfung durch, bei verdächtigen Aktivitäten wird ein Komplettscan empfohlen. Der Check umfasst Arbeitsspeicher, Systemdateien sowie Registry und berücksichtigt charakteristische Modifikationen an Systemtabellen, Alternate Data Streams sowie versteckte IRP-Calls. GMER läuft nur unter 32-Bit.