Weiter versucht Microsoft für die FSF die Standardisierung von freien Dokument-Formaten zu verhindern. Denn Standards wie das Open-Document-Format bedrohten die Kontrolle, die Microsoft durch die proprietären Word-Formate habe. Außerdem wirft die FSF dem Software-Hersteller geheime Absprachen mit großen Media-Unternehmen, um Einschränkungen in das Betriebssystem einzubauen, um Medien zu kopieren beziehungsweise abzuspielen.
Schließlich gibt es bei Windows eine lange Geschichte mit Sicherheitslücken. Weil die Software aber nicht öffentlich verfügbar ist, kann nur Microsoft selbst dafür Patches anbieten. Allerdings wirft die FSF Microsoft vor, dass sich dabei ihre Interessen nicht mit denen der Nutzer decke.
Nicht besonders gut findet die FSF auch die Praxis von Microsoft, für ein Betriebssystem unterschiedliche Versionen zu liefern, bei denen die Funktionen je nach Ausgabe künstlich beschränkt sind. Kaufe der Nutzer eine teurere Ausgabe würden die zusätzlichen Funktion quasi nur freigeschaltet.