Das Problem bei der Nutzung mit Skype ist, dass der Internetdienst in vielen Unternehmen von den Mitarbeitern allerdings ohne Abstimmung mit den ITK-Verantwortlichen eingesetzt wird. Denn im Gegensatz zu den meisten anderen Kommunikationsdiensten sind zum Installieren von Skype keine Administrationsrechte nötig. Da die Nutzung von Skype zahlreiche Sicherheitsrisiken und Rechtsfragen mit sich bringt, sind viele Unternehmen unsicher, ob sie den Einsatz von Skype durch ihre Mitarbeiter unterbinden sollten. Hauptkritikpunkt ist, dass die Protokolle nicht offen gelegt sind und der Quellcode von Skype keiner Überprüfung zugänglich ist, so dass Sicherheitskonzepte und deren Implementierung nicht überprüfbar sind. Da Skype-Mechanismen die Firewall tunneln können, wird die IT-Infrastruktur verwundbarer.
Nicole Dufft, Geschäftsführerin von Berlecon Research: „Auch wenn Skype seit Erscheinen unserer ersten Analyse im Jahr 2007 verstärkt die Belange von Geschäftskunden adressiert, ist die Kritik nach wie vor berechtigt. Allerdings sind die Risiken gegen die Vorteile abzuwägen und sprechen nicht generell gegen eine ergänzende Nutzung von Skype." Die Analysten von Berlecon Research und der Fraunhofer-Einrichtung für Systeme der Kommunikationstechnik ESK empfehlen Unternehmen, ihre Mitarbeiter über die entsprechenden Risiken aufzuklären und klare Regeln für den Umgang mit Skype aufzustellen. Auf
Rechnern sicherheitskritischer Bereiche mit einem hohen Schutzbedürfnis sollte die Installation von Skype gar nicht erst gestattet werden, um den versehentlichen oder missbräuchlichen Datentransport nach außen zu verhindern. Sven Brandt, Leiter der Communication Solutions Gruppe der Fraunhofer ESK gibt zu bedenken: „Dem Trend, dass die Endsysteme verwundbarer werden und der Schutz durch klassische Firewallkonzepte abnimmt, müssen Unternehmen sich aber ohnehin stellen. Und nicht nur Skype ist ein potenzieller Kanal zum Transfer unternehmenskritischer Daten."