Zwar werden am 1. Februar 2014 nicht automatisch alle Systeme aufhören zu arbeiten, wenn die Umstellung noch nicht abgeschlossen ist, aber Banken können Zahlungen verweigern, die nicht im vorgeschriebenen Format sind. Dies kann gerade für Mitarbeiter verheerende Folgen haben: Denn werden sie nicht pünktlich bezahlt, können sie selbst ihren Zahlungsverpflichtungen nicht nachkommen, wie Hypothekenzahlungen, Lastschriften oder Rechnungen, was wiederum auf sie zurückfällt. Besonders Unternehmen, die Niederlassungen in verschiedenen europäischen Ländern unterhalten, sollten bedenken, dass SEPA die unterschiedlichen Zahlungsmethoden und Informationsanforderungen deutlich vereinfacht – und damit auch die Verwaltung.
Ähnlich verhält es sich bei Partner-Unternehmen: Auch sie sind schnell enttäuscht, wenn Zahlungen nicht getätigt oder Zahlungseingänge verzögert werden. Denn dann wird der Cash-Flow ernsthaft beeinträchtigt. Hat der Partner bereits erfolgreich auf die SEPA-Anforderungen umgestellt, kann er selbst nichts dafür, wenn sein operatives Geschäft beeinträchtigt wird. Je nach Rolle des Partners, kann die gesamte Lieferkette gestört werden, so dass es unmöglich wird, Kunden mit Dienstleistungen oder Waren zu beliefern. Dieser Domino-Effekt schädigt den Ruf eines Unternehmens sehr. Ist das Vertrauen erst einmal verloren, dauert es meist sehr lange, bis sich ein Unternehmen davon erholt.
Eine weitere Bedrohung für den Cash-Flow eines Unternehmens stellt das gesamte Lastschriftverfahren dar. Diese Zahlungen werden vom Gläubiger eingeleitet. Um sicherzustellen, dass sie SEPA-konform sind, müssen sie die richtigen Konto-Informationen und Instruktionen in einem akzeptablen Format für ihre Bank vorhalten. Insbesondere für Kunden, die bislang mit IBAN nicht vertraut sind, ist das Zusammenstellen der richtigen Informationen nicht immer einfach. Außerdem müssen sich Unternehmen überlegen, wie Einzugsermächtigungen verwaltet werden und ob eine erneute Erlaubnis erforderlich ist. SEPA-Konformität berührt also jeden geschäftlichen Aspekt.