Lizenzen sind auch ein Problem beziehungsweise der Software-Anbieter hat seine Applikation nicht für die Virtualisierung freigegeben. Kommt es dann zu einem Fehler, kann es sein, dass der Support deshalb verweigert wird. Das Unternehmen muss nun mit hohem Aufwand die Anwendung auf physikalische Systeme rückportieren. Erst wenn klar ist, dass nicht die Virtualisierung schuld ist, wird es vermutlich Hilfe geben.
Mit der Virtualisierung wird es auf einen Seite viel leichter, ein Disaster-Recovery aufzubauen. Aber vorher muss sich das Unternehmen über Backup-Konzepte Gedanken machen. So lässt sich von einer VM sehr leicht eine Sicherung machen. Dies garantiert aber nicht, dass die darauf laufende Anwendung in einem konsistenten Zustand ist.
Zudem kommt hinzu, dass mit dem Ausfall eines physikalischen Servers, deutlich mehr Anwendungen betroffen sind als vorher. Daher braucht es Prozesse, die etwa regeln, wie Ausfall eines Servers oder des Storage-Systems kompensiert wird.