Ist das grundsätzliche Ziel, nämlich die Zentralisierung der IT, bei VDI und TS dasselbe, verfolgen die Technologien dennoch unterschiedliche Ansätze. In einer VDI-Umgebung erhält jeder Anwender „seinen eigenen“ Desktop mit einem voll funktionsfähiges Betriebssystem und allen benötigten Anwendungen. Die TS-Technik hingegen basiert auf einer einzigen, Server-seitigen Betriebssystem-Installation, über die Anwendungen und Desktops in Form von Sitzungen veröffentlicht werden.
Während die Remote-Desktop-Services von Microsoft seit der Einführung von Windows-2000-Server konsequent weiterentwickelt wurden und für Administratoren mittlerweile leicht beherrschbar sind, handelt es sich bei VDI um eine vergleichsweise junge Technologie. Erfahrungen im Langzeitbetrieb und die damit verbundenen Kosten sind noch nicht endgültig absehbar. Sogar Microsoft äußert sich außerordentlich vorsichtig und stellt fest, dass VDI nicht zu einer Verringerung der Desktopkosten beziehungsweise der Gesamtbetriebskosten führt, sondern eher als eine Möglichkeit zur Steigerung der Flexibilität zu betrachten ist – und selbst das lediglich im Vergleich zur klassischen, lokalen Installation.