Obwohl TS und VDI sehr ähnliche Strategien verfolgen, driften die Kosten für Erst-anschaffung und Betrieb auseinander. Ein großer Teil der Implementierungskosten entfällt auf die Server-Hardware. Hier erfordert die Desktop-Virtualisierung – insbesondere bei einer großen Anzahl an Desktops – eine deutlich höhere Rechenleistung als die Verteilung von Anwendungen über die Terminal-Server-Technik. Erfahrungen aus der Praxis zeigen, dass mit der TS etwa doppelt so viele User auf einem Server arbeiten können wie bei VDI. Zudem erfordern die virtuellen Desktops eine vergleichsweise hohe Speicherkapazität, da jede virtuelle Maschine ein vollwertiges Betriebssystem inklusive aller lokal installierten Anwendungen beinhaltet.
Eine Trennung von Betriebssystem und Anwendungen ist zwar möglich, erhöht jedoch den Verwaltungsaufwand signifikant. Denn auch die viel zitierten Heilsbringer Thin-Provisioning und Deduplication können hier oft nur unzureichend Abhilfe leisten. So trennt Thin-Provisioning ein unveränderbares Master-Image des Desktops von den individuellen Änderungen (Delta-Files) des Users und führt diese bei jedem Abruf des Desktops dynamisch wieder zusammen. Doch was nützt das, wenn die Delta-Files innerhalb kürzester Zeit stark anwachsen? Dagegen hilft nur, keine Änderungen am virtuellen Desktop zuzulassen, was jedoch andererseits die Produktivität der Anwender nachhaltig einschränken könnte. Eine zufriedenstellende Lösung für dieses Dilemma ist bisher noch nicht wirklich in Sicht. Bis dahin muss mit ausreichend hohen Budgets für entsprechenden Storage kalkuliert werden. Hinzu kommen jährliche Gebühren für die VDA-Lizenz oder die Software-Assurance. Die bei TS erforderlichen RDS-CALs müssen hingegen nur einmalig erworben werden.
Bei den Terminal-Services hingegen teilen sich viele Sessions ein zugrunde liegendes Betriebssystem. Dies senkt die Beschaffungskosten der Server-Hardware, der gemeinsam genutzte Festplattenspeicher kann kleiner dimensioniert werden, da alle User auf denselben Datenbestand und dieselben Applikationen zurückgreifen. Weitere Kostenblöcke entstehen durch die Zugriffslizenzen und gegebenenfalls erforderliche Zusatzprogramme.