Obwohl VDI und TS Ausprägungen des Server-Based-Computings sind, bringen beide Technologien spezifische Vor- und Nachteile mit sich. So liegt der Hauptvorteil der Terminal-Services in der komfortablen und einfach skalierbaren Nutzung von Standardanwendungen. Moderne TS-Lösungen entkräften Argumente, die Unternehmen bisher von dieser Technik abgehalten haben. So müssen Anwender heutzutage weder auf einen personalisierten Desktop verzichten noch Anwendungen mit anderen Usern teilen, was eine Individualisierung der Applikationen verhindern würde.
Für die IT-Abteilung hingegen zählt in erster Linie der im Vergleich zu einer klassischen Client-Server-Struktur geringe Administrationsaufwand – gerade bei mittleren bis hohen Userzahlen. Damit argumentieren zwar auch die Hersteller von VDI-Lösungen. Tatsächlich wird die Administration virtueller Desktops mit steigender Anzahl komplexer und aufwändiger. Im Gegenzug bietet die VDI-Technik Vorteile, wenn es um die Abgrenzung kritischer Anwendungen geht. Eventuelle Kollisionen oder kritische Speicherauslastungen erfolgen hier stets nur innerhalb der virtuellen Maschine und nehmen damit keinen Einfluss auf Stabilität und Integrität anderer Desktops. Im TS-Umfeld kann nur ein intelligentes Anwendungs-Management entsprechende Probleme verhindern.
Einer der wichtigsten Vorteile der VDI-Technik, die hohe Flexibilität, ist gleichzeitig auch deren größter Haken. Sicher ist es für den Nutzer von Vorteil, wenn er sich seinen Desktop nach seinen persönlichen Vorlieben gestalten und wichtige Einstellungen dauerhaft vornehmen kann. Das bedeutet aber gleichzeitig, dass statt eines rudimentären „Allround-Desktops“ viele individuelle Desktops bereit gehalten und verwaltet werden müssen. Dies stellt einerseits hohen Anforderungen an den Ausbau von Arbeitsspeicher und Plattenplatz. Andererseits wird das Management zahlreicher individueller Desktops sehr komplex, da auch Updates und Patches individualisiert eingespielt werden müssen, um die einzelnen Desktop-Images nicht zu korrumpieren. Der TS-Technik wiederum wurde lange Zeit vorgehalten, eine Individualisierung sei schlichtweg nicht möglich. Mit Hilfe Server-basierter Profile ist die Benutzerindividualisierung aber heutzutage keine große Herausforderung mehr.