Damit es sofort an PC oder TV losgehen kann, sind beide externen Festplatten für Windows vorformatiert. Die Hardware-Verschlüsselung der MiniStation Plus ist für die schnelle Nutzung an Fernseher oder Mediaplayer abschaltbar. Apple-Nutzer sollten den Speicher vor der ersten Nutzung formatieren, bekommen dann aber eine Backup-Lösung die vollständig zu Time Machinekompatibel ist.
Ergänzend werden die beiden Minispeicher mit der Software-Sammlung »Buffalo Tools for Windows« ausgeliefert. Diese beinhaltet das Programm TurboPC, mit dem der Datentransfer zusätzlich beschleunigt wird, das Buffalo Backup Utility für schnelle und einfache Backups, den ECO Manager, der die Festplatte bei Nichtbenutzung in den Ruhemodus versetzt und das Tool SecureLock, das es erlaubt die Festplatte und die darauf enthaltenen Daten zu verschlüsseln. Ergänzend ist noch das kleine Utility-Programm Ramdisk auf den Speichern zu finden.