Nun erstellt das System eine neue Datei mit den Disks als Klon. Es gibt nun eine Datei »vmname-repaired.vmdk« und »vmname-repaired-flat.vmdk«. Mit einem Linux-Text-Editor öffnet der Administrator nun die originale Vmname.vmx-Datei. Dort gibt es eine Zeile mit »scsi0:0.fileName = 'vmname-00001.vmdk« oder so ähnlich. Nun wird »vmname-00001.vmdk« mit »vmname-repaired.vmdk« ersetzt. Den Klon-Prozess gilt es nun mit allen anderen Disks zu wiederholen, die der VM zugeordnet sind. Nach dem Power-on der VM sollte nun alles laufen.
Es gibt aber auch Fälle, in denen dies nicht funktioniert. Dies kommt vor, wenn die VM-Disk ein Commit auf dem jüngsten Snapshot versucht und dabei scheitert. Dann wird die Snapshot-Datei unbrauchbar. Tritt dies auf, dann wird beim Klon-Prozess ein Fehler auftreten und der Vorgang lässt sich nicht abschließen. Die Lösung ist dann, stattdessen den nächst jüngeren Snapshot zu verwenden.
Hat »vm.vmdk« beispielsweise drei Snapshots, dann ist der Name des ersten »vm-000001.vmdk«, des zweiten »vm-000002.vmdk« und des dritten »vm-000003.vmdk«. Anstatt die Klon-Operation mit der Vm.vmdk-Datei durchzuführen, kommt der zweite Snapshot zum Einsatz. Die Syntax dafür lautet: »vmkfstools -i vm-000002.vmdk vmname-repaired.vmdk«.
Dieses Kommando erstellt aus dem zweiten Snapshot eine einzelne Vmdk-Datei. Diese lässt sich nun in die Vmx-Datei eintragen. Dabei gehen zwar Änderungen im jüngsten Snapshot verloren. Dies ist aber der einzige Weg, eine korrupte Vmdk-Datei wieder herzustellen, ohne ein Backup zu verwenden.