Mit dem Lastschriftmandat und dem deutlich umfangreicheren XML-Format für Bankdateien explodiert das zu verarbeitende Datenvolumen. In den zahlreichen internen Systemen für Partnerverwaltung, Vertriebssteuerung, Inkasso, Exkasso, Vertragsverwaltung etc. müssen ebenfalls zahlungsverkehrsrelevante Daten vorgehalten und ausgetauscht werden. Das Einbetten neuer Software wie einer Mandatsverwaltung und die Erzeugung der neuen Formate unter Berücksichtigung aller Schnittstellen sind nicht zu unterschätzen. Mehrere tausend Personentage für die Umstellungen der IT-Systeme und Prozesse wurden von großen Konzernen für die Realisierung benötigt. Der mit SEPA hinzukommende Verwaltungsaufwand bezüglich Mandaten und Informationspflichten stellt zusätzlich ein Hindernis für die Nutzung mobiler Lösungen dar. Stark betroffen sind hiervon die neuartigen Mikroversicherungen, die eigentlich den spontanen Abschluss zeitlich oder räumlich begrenzter Leistungen ermöglichen sollen. Unternehmen, die beim Beitragseinzug Fehler machen, droht der Wechsel ihrer sensiblen Kunden zu Wettbewerbern.
Wenn für moderne Dienstleistungen keine passenden Zahlungslösungen zur Verfügung stehen, drohen die Unternehmen den Anschluss an den Markt zu verlieren.