Die Einrichtung und Unterhaltung einer MDM-Infrastruktur setzt das Lösen sicherheitsrelevanter Herausforderungen voraus, da MDM in der Regel durch den Wunsch nach Schutz der unternehmensrelevanten Daten getrieben wird. Zahlreiche Unternehmen bevorzugen es, Ihre Daten im eigenen Unternehmen zu halten. Dies kann eine subjektive Handlungsweise sein oder aufgrund von objektiven Compliance-Anforderungen erfolgen. Dabei haben kleine und mittelständische Unternehmen in der Regel nur bedingt sichere beziehungsweise hochverfügbare Systeme im Vergleich zu einer professionell gemanagten Lösung.
Full-Service-Anbieter halten fachkundiges Personal vor und investieren weitaus mehr in eine dedizierte Infrastruktur. Dabei stellt sich allerdings schon die Frage, wo der Anbieter der Cloud-Lösung die MDM-Lösung hostet. Befinden sich die Daten im europäischen Rechtsraum oder möglicherweise in den USA oder auf einem anderen Kontinent.
Die USA haben die Befugnisse ihrer Geheimdienste und Ermittlungsbehörden im Jahr 2001 durch den „USA Patriot Act“ beträchtlich erweitert. Unter anderem kann das FBI nach Section 215 „Access to Records and Other Items Under the Foreign Intelligence Surveillance Act“ den Foreign Intelligence Surveillance Court (FISC) anrufen und über ihn Zugang zu Daten aller Art erhalten. Das Gericht erlässt hierzu einen Beschluss gegen eine Telefongesellschaft, einen Internet-Provider oder auch einen Cloud-Anbieter, der dann die bei ihm gespeicherten Daten herausgeben muss. Im europäischen Rechtsraum sind die Unternehmensdaten vor Zugriffen dieser Art geschützt, soweit der Betreiber kein amerikanisches Unternehmen ist. Oftmals lautet die klare Empfehlung, wenn SaaS, dann im europäischen Rechtsraum mit europäischen Betreibern.
Vor allen in Abteilungen von Großunternehmen mit hochsensiblen Daten, zum Beispiel im Bereich Finanzen oder Audit, findet man strenge IT-Governance-Bestimmungen vor. Diese lassen einen Betrieb von unternehmensrelevanten Prozessen und die externe Haltung von Daten nicht zu. In diesem Fall scheidet SaaS aus. Sowohl IT-Infrastruktur als auch das Know-how der IT-Abteilung sind bei diesen Unternehmen in den meisten Fällen auf einem sehr hohen Sicherheitsniveau. Die Voraussetzungen für eine sichere technische und organisatorische Integration der MDM-Lösung in die interne Infrastruktur ist in diesem Umfeld oft gegeben. Gerade bei Großunternehmen fällt die Entscheidung daher oft zugunsten einer Inhouse-Lösung.